Uno de los factores más importantes y que rara vez es tenido en cuenta por las personas en el cultivo hidropónico es la temperatura de la solución nutritiva. Dado que la solución nutritiva proporciona todos los nutrientes necesarios a las plantas, es de vital importancia que la solución este en las condiciones adecuadas para que estos nutrientes puedan ser absorbidos.

La importancia de la temperatura de la solución nutritiva es muchas veces desestimada como una variable poco importante aunque cambios en la temperatura del medio de cultivo y la solución pueden ocasionar graves deficiencias nutritivas. Por ejemplo, las plantas son incapaces de captar fósforo cuando la temperatura de las soluciones nutritivas está por debajo de los 10°C y les cuesta mucho trabajo por debajo de los 15°C.

Cuando pensamos en la temperatura ideal para la solución nutritiva en hidroponia, debemos pensar en que existen dos limites naturales sobre los cuales es imposible que vivan las plantas. Uno está cerca a los 0°C ya que este es el punto donde la solución nutritiva se congela (probablemente un poco menos debido a las sales disueltas) el otro punto se encuentra cerca a los 30°C que es cuando la solubilidad del oxígeno deciende dramáticamente.
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Teniendo esto en cuenta ahora debemos preguntarnos cual es la temperatura ideal entre 0 y 30°C. Esto depende prácticamente de cada planta, pero se sabe que la mayoría de las plantas se desarrollan bien cuando la temperatura de la región alrededor de las raíces se encuentra entre 20 y 25°C. Hay plantas cuyas temperaturas óptimas son quiza un poco más altas, como el tomate y el ají a 27°C. Sin embargo, plantas como la lechuga desarrollarían problemas nutriticionales a estas temperaturas y su temperatura ideal está más bien hacia los 18°C. Como pueden ver, dependiendo si la planta que cultivan es de clima frio o caliente, puede variar significativamente la temperatura ideal del agua aunque una temperatura de 22°C permite un desarrollo satisfactorio de la mayoría de las plantas cultivadas en hidroponia.